Kościół św. Jana jest najstarszą świątynią w Malborku powstałą w końcu XIII wieku. W wyniku wojny 13-letniej a szczególnie oblężenia miasta ( 1457-1460) świątynia uległa całkowitemu zniszczeniu. W 1467 przystąpiono do jego odbudowy, która trwała ok 50 lat. W efekcie powstała nowa budowla posadowiona na starych fundamentach. Kościół oddano do dyspozycji wiernych już w 1468 roku natomiast ostateczne zakończenie prac nastąpiło w 1523 roku. W 1534 roku doszło do zawalenia się kryształowych sklepień, które odbudowano po czterech latach jako sieciowe. Filary na których wspiera się sklepienie datowane jest na lata 1535-1537. W czasie trzeciej wojny szwedzkiej doszło do spalenia trzech zachodnich przęseł kościoła. w 1668 roku nastąpiło zamknięcie zachodnią fasadą skróconej o jedno przęsło budowli. Obiekt wpisany do rejestru zabytków, ogólnodostępny jak na świątynię przystało.